La Universidad de Guadalajara se estructura mediante un modelo de organización académica y administrativa en red, integrada por 14 centros universitarios -6 de ellos temáticos y 8 regionales, el Sistema de Universidad Virtual (SUV), el Sistema de Educación Media Superior (SEMS) y la Administración General.

Los centros temáticos son las entidades responsables de impartir programas académicos de nivel superior y medio superior relativos al área de conocimiento específica de su competencia. Dichos centros son: el Centro Universitario de Arte, Arquitectura y Diseño, ubicado en el núcleo de Huentitán el Bajo, Guadalajara; el Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, ubicado en el predio Las Agujas, municipio de Zapopan; el Centro Universitario de Ciencias Económico-Administrativas, ubicado en Los Belenes, municipio de Zapopan; el Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingenierías, ubicado en el Instituto Tecnológico, Sector Reforma, ciudad de Guadalajara; el Centro Universitario de Ciencias de la Salud, ubicado en el Centro Médico, Colonia Independencia, Sector Libertad, Guadalajara; y el Centro Universitario de Ciencias Sociales y Humanidades, ubicado en el núcleo de Ciencias Sociales y Humanidades, Sector Hidalgo, Guadalajara.

Los centros regionales son: el Centro Universitario de Los Altos, con sedes en Tepatitlán de Morelos y Lagos de Moreno; el Centro Universitario de La Ciénega, con sedes en Ocotlán, La Barca y Atotonilco; el Centro Universitario del Sur, con sede en Ciudad Guzmán; el Centro Universitario de La Costa, con sede en Puerto Vallarta; el Centro Universitario de La Costa Sur, con sede en Autlán de Navarro; el Centro Universitario de los Valles con sede en Ameca; el Centro Universitario del Norte con sede en Colotlán, y el Centro Universitario de Los Lagos con sedes en Lagos de Moreno y en San Juan de los Lagos, Jalisco. Cada uno de ellos cuenta con un conjunto de programas académicos en diversas áreas del conocimiento dirigidos a satisfacer las necesidades de su área de influencia así como a contribuir al desarrollo de las diversas regiones.

El Sistema de Educación Media Superior es la entidad responsable de la integración de las funciones de docencia, investigación y difusión, así como la administración de este nivel educativo. Forma de manera integral -en ambientes adecuados de aprendizaje- a bachilleres y técnicos en 20 escuelas ubicadas en la Zona Metropolitana de Guadalajara, 31 escuelas regionales, 69 módulos y 28 extensiones, con lo que se da cobertura a la mayor parte del Estado de Jalisco.

La Administración General de la Universidad se encuentra constituida por dos entidades, la Vicerrectoría Ejecutiva y la Secretaría General. Como parte de las funciones de la Vicerrectoría ejecutiva se encuentran: Coordinar la planeación, seguimiento y evaluación de los programas académicos y administrativos de la Universidad; dirigir las actividades de coordinación, asesoría y apoyo a los programas académicos de educación abierta, semi-escolarizada y a distancia del conjunto de la Universidad; proponer políticas y criterios para el intercambio académico, científico y cultural de la Red Universitaria con otras instituciones públicas o privadas, nacionales o internacionales, y entre las propias dependencias universitarias.

Por su parte la Secretaría General tiene, entre otras funciones, las siguientes: Coordinar las actividades que realicen las dependencias de la Administración General en materia de medios de comunicación, egresados y exalumnos, servicios estudiantiles, cultura física y asuntos jurídicos; Coordinar las funciones de administración y control escolar, que son competencia de la Administración General de la Universidad; Atender a los sectores universitarios en materia de asuntos laborales, prestaciones sociales, apoyos a estudiantes y egresados, y en la organización de actividades deportivas; Coordinar la elaboración y operación de los sistemas de control de inventarios de los muebles e inmuebles que forman parte del patrimonio universitario; Coordinar las acciones relativas al reconocimiento de validez oficial de estudios y realizar todas las acciones necesarias con el fin de que las instituciones con estudios incorporados, se desarrollen de conformidad con los lineamientos que establezca la Universidad de Guadalajara.

Se cuenta con un modelo departamental, un sistema de créditos y departamentos en donde se desarrollan las funciones sustantivas. La organización académico- administrativa de las DES está integrada por divisiones, departamentos, colegios departamentales y el Consejo Divisional. El Rector es el responsable de la DES, y los secretarios Académico y Administrativo desarrollan labores de apoyo al Rector. Finalmente, el órgano máximo de decisión es el Consejo Universitario de Centro.